Rođen je 2. ožujka 1922. godine u Peroju, Pula, Hrvatska. Do 1941. godine bio je metalski radnik. Živio je u Sremskoj Mitrovici, i do rata se bavio metalskim zanatom. Kao metalac, došao je u dodir s naprednim radničkim pokretom, kome se vrlo rano pridružuje. Strojobravarski zanat naučio je, 1936. godine, u Sremskoj Mitrovici. Neposredno pred rat 1941. godine, postaje član KP Jugoslavije.

NOP-u se pridružuje 1941. godine. Jedan je od prvih fruškogorskih partizana. U toku rata bio je član Okružnog komiteta SKOJ-a za Srem, a zatim politički komesar čete u Bosanskom NOP odredu, pomoćnik političkog komesara bataljona u sremskom NOPO Treće operativne zone Hrvatske, politički komesar 3. bataljona 1. vojvođanske brigade, pomoćnik političkog komesara i komesar 1. vojvođanske brigade.

Za cijelo vrijeme NOR-a isticao se hrabrošću. Desetina kojom je rukovodio je u prvim partizanskim akcijama uspješno izvršila postavljeni zadatak i uništila ustašku patrolu od 6—7 ljudi. Bio je najsmjeliji u desetini — upao je u jednu kalanu i sam ubio dvojicu ustaša. Zaslužan je, kao politički komesar bataljona, što je do tada najslabiji 3. bataljon 1. brigade postao najborbeniji, s najvećim brojem dobrih bombaša i puškomitraljezaca. Posebno se istakao u borbi s Nijemcima i ustašama koji su tenkovima i avionima nastojali deblokirati garnizon u Brčkom. Tada je uspio, zajedno sa svojim bataljonom, zadržati deset puta jačeg neprijatelja. Prosinca 1943. godine, u napadu na Tuzlu, njegov bataljon, već poznat kao pouzdan, dobiva najteži zadatak, l pored velikih gubitaka, bataljon je izdržao borbu do kraja. Sudjeluje, kao politički komesar brigade, ne samo u svim akcijama brigade, već je u gotovo svim tim akcijama među najboljima i najhrabrijima. U borbi na Zajednicama, u istočnoj Bosni, njegova brigada je uništila više od 500 gestapovaca, zaplijenila 8 topova i velike količine ratnog materijala. U maršu 1944. godine, s terena oko rijeke Bosne u Crnu Goru, u uvjetima kada su borci umirali od gladi, 1. brigada je zadavala teške udarce neprijatelju. Poslije prelaska ceste Kalinovik—Foča, i prilikom spuštanja na Sutjesku, njegova brigada je dobila zadatak da zaposjedne Veternik i osigura pokret korpusa preko Sutjeske na Mrkaljklade. Tada je bio na najisturenijem položaju, vlastitim primjerom poticao je borce na borbu. Položaj je, s posljednjim borcima, napustio tek poslije izvršenog zadatka. Takav je bio i u nizu drugih borbi — na Makišu i Ćukarici, u Sremu kod Rume i Mitrovice, u Baranji.

Poslije rata, u oslobođenoj domovini obavljao je dužnosti političkog komesara divizije, načelnika štaba korpusa... Višu vojnu akademiju JNA završio je 1957. godine. Bio je i pokrajinski sekretar za narodnu obranu Vojvodine.

Jovan Štokovac je bio generalmajor JNA.

Narodnim herojem proglašen je 5. srpnja 1952. godine.