Rođen je 1918. u Podravskim Sesvetama, Koprivnica, Hrvatska. Student.

Prije rata studirao je na građevinskom odjelu Tehničkog fakulteta u Zagrebu. Već na prvoj godini studija uključio se u napredni studentski pokret, a 1937. postao je član SKOJ-a. Zbog aktivnosti i zalaganja, primljen je, početkom 1941. godine, za člana KP.

Poslije okupacije, aktivno se uključuje u pripreme za podizanje ustanka. U stanu svojih roditelja u Zagrebu održava sastanke, i zajedno sa svojim bratom Lukom umnožava agitacioni partijski materijal. U rujnu 1941. godine, bio je uhapšen, ali je poslije četrnaest dana pušten, pošto policija nije posjedovala nikakve dokaze o njegovom radu. Poslije izlaska iz zatvora, nastavio je da živi ilegalno u Zagrebu, sudjelujući u nizu omladinskih akcija.

Poslije jedne provale, ustaška je policija upala, 20. studenog 1941, u stan u kojem je boravio, i uhapsila ga. Unatoč mučenju, Milan Špalj nije ništa priznavao. Napokon je bio izveden pred Prijeki sud, ali ga on nije mogao osuditi, jer nije bilo nikakvih dokaza. Međutim, i dalje je zadržan u zatvoru. Neprestano je podvrgavan saslušavan)ima i torturi, Prilikom suđenja Milanu Špalju, njegov otac je jednom s njim razgovarao. Ono što mu je tada sin ispričao, on je rekao u izjavi pred Komisijom za ratne zločine: "Znam da se tužio da su mu stavljali vruće igle pod nokte, i još se sjećam da je na raspravi pokazao obje ruke, te su se na njima vidjeli tragovi zlostavljanja, jer su mu nokti bili crni." Pričao je da je bio u samici vezan, da su ga agenti preslušavali i mučili.

Ne mogavši od njega iznuditi priznanje, ustaše su ga, u veljači 1942, godine, internirale u Jasenovac. Kasnije je prebačen u logor u Staroj Gradiški, gdje je, u srpnju 1943, osuđen na smrt glađu.

Narodnim herojem proglašen je 24. srpnja 1953. godine.