Rođen je 3. juna 1911. u selu Smokovljani kod Stona, Hrvatska. Posle očeve smrti, Crni napušta rodno selo, i s majkom Katom odlazi u Janjinu, gdje završava šest razreda osnovne škole. Zatim, 1927. godine, odlazi u Zagreb na izučavanje obućarskog zanata, koji ubrzo nastavlja u Beogradu. Boravak u Beogradu bio je presudan za Morđina. Tu se upoznao s naprednim radnicima; aktivno učestvuje u radu naprednih sindikata, demonstracijama i štrajkovima koje je organizirala radnička klasa Beograda. Posle uvođenja šestojanuarske diktature, on se 1929. godine vraća u Janjinu i organizira omladinsko sportsko društvo "Iskra", u kome razvija aktivan politički rad. Polovinom iste godine, uhapšen je prvi put i odveden u istražni zatvor u Orebiću, odakle je, posle nekoliko mjeseci, pušten. Zbog aktivnog rada, ponovo je uhapšen 1. maja 1933. godine, ali se ubrzo spašava zatvora. Kada je, 1934. godine, u Janjini osnovana prva ilegalna partijska ćelija, postao je njen član, a nešto kasnije izabran je i za sekretara.

Na Pelješcu je 1936. godine provaljena partijska organizacija, pa se Morđin ponovo našao u zloglasnom zatvoru "Termo-terapija" u Rijeci Dubrovačkoj. Posle nekoliko mjeseci, pušten je na slobodu.

Kapitulacija bivše Jugoslavije zatekla ga je u Mostaru, kao vojnika. Vraća se na Pelješac, odmah prikuplja oružje i vrši pripreme za ustanak. Javno žigoše ustaška zlodjela; ustaše ga hapse, ali uspijeva da pobjegne i prebacuje se na Korčulu, a zatim u Split, gdje se povezuje s Pokrajinskim komitetom Partije. Primivši direktive, odlazi na teren Metkovića i Pelješca, i već augusta 1941. godine organizira prve partizanske grupe. Kao sekretar Mesnog komiteta KPH za Pelješac, nastavlja rad na Širenju ustanka. Postao je sekretar Okružnog komiteta KPH Dubrovnik, pa pristupa organiziranju ustanka u dubrovačkom kraju. Početkom januara 1942. godine, s lažnom legitimacijom krenuo je u Hercegovinu zbog uspostavljanja veze s tamošnjim partijskim rukovodstvom. U vozu su ga uhapsile ustaše, i vezanog sprovele za Ravno. Pokušao je da pobjegne skakanjem kroz prozor, ali je u padu polomio nogu, pa je ponovo uhvaćen i prebačen u mostarsku bolnicu. Partijska organizacija Mostara uspela je da ga otme iz bolnice i prebaci na slobodnu teritoriju u dolini Neretve, lako neizliječen, posle dva mjeseca vratio se na Pelješac, gdje radi na širenju ustanka i stvaranju prvih narodnooslobodilačkih odbora. Neposredni je rukovodilac svih partizanskih akcija na Pelješcu. Pod njegovim rukovodstvom ustanak se širi, i veliki broj Pelješčana odlazi u partizane. Organizira izdavanje lista "Naš tjednik", glasilo MK KPH za Pelješac, a kasnije organ OK KPH za Dubrovnik.

Krajem januara 1943. godine, u Livnu, učestvuje u osnivanju Oblasnog NOO Dalmacije, izabran je za njegovog člana. Početkom marta vraća se na Pelješac i saziva Prvu okružnu konferenciju KPH za južnu Dalmaciju, na kojoj je izabran za političkog sekretara Okružnog komiteta. Juna 1943. godine izabran je za vijećnika ZAVNOH-a. Kada je kapitulirala fašistička Italija, s grupom boraca razoružao je cijeli garnizon u Trpnju i Gornjoj Vrućici. Rukovodi razoružanjem i talijanske vojske na Lastovu, Mljetu i Šipanu. Organizira novu narodnu vlast, sprovodi opću mobilizaciju i učestvuje u formiranju 13. dalmatinske

brigade. Posebno se istakao u borbama protiv Nijemaca u obrani ostrva. Posle zauzimanja Korčule od strane Nijemaca, kao član Oblasnog komiteta KPH za Dalmaciju, odlazi na Biokovo, pruža pomoć tamošnjim partizanskim jedinicama i prebacuje se na Vis. Početkom februara 1944. godine, s Visa se, brodom preko Lastova, prebacuje na Pelješac zbog sastanka Okružnog komiteta.

Uvečer, 8. februara, kod Mljeta, upao je u zasjedu njemačkih desantno-jurišnih čamaca. Skočio je u more i pokušao da se spase plivanjem, ali je uhvaćen i odveden u zatvor u Korčulu. Posle nekoliko dana, Nijemci ga vezanog sprovode u Dubrovnik. U toku plovidbe, pored obale Pelješca, Morđin se oslobađa okova i spašava se skakanjem u more. Posle kratkog odmora i okrepljenja u selu Kobaš, kod Stona, nastavio je put, ali 18. februara 1944. godine nailazi na njemačku zasjedu iznad uvale Prapratne, gdje je i ubijen. Ivan Morđin je jedan od poznatih revolucionara i najhrabrijih boraca južne Dalmacije.

Narodnim herojem proglašen je 14. decembra 1949. godine.