Rođen je 11. maja 1912. godine u Gorici, Slovenija. Posle završetka I svjetskog rata, porodica je izbjegla iz Italije i nastanila se u Ljubljani, gdje je Mašera maturirao, 1929. godine. Odgojen u antiklerikalnom duhu, i snažno zadojen jugoslavenskim patriotizmom, htio je da služi svojoj zemlji braneći njeno more i obalu. Tako je stupio u VII klasu Pomorske vojne akademije. Imao je izrazit dar za prirodne nauke, i važio za najboljeg matematičara u klasi. U čin poručnika korvete proizveden je 1932. godine, kao peti u rangu. Drugovi su ga cijenili i voljeli zbog skromnosti, pravednosti i spremnosti da kritizira i osudi svako nepoštenje. Artiljerijski kurs završio je s odličnim uspjehom, smatran je za perspektivnog oficira i upućivan je u inostranstvo na važne vojne zadatke. Volio je svoj poziv, a van njega imao samo jednu strast — planinarenje.

Rat u aprilu 1941. godine zatekao je poručnika bojnog broda II klase, Sergeja Mašeru, na dužnosti I artiljerijskog oficira na razaraču "Zagreb", u Boki Kotorskoj. S njime je, na istom brodu, službovao i njegov drug iz iste klase, Milan Spasić. Među brodovima, koji su već prvog dana rata bili izloženi napadima iz zraka, nalazio se i razarač "Zagreb", ali je pretrpio samo neznatna oštećenja. Poslije posljednjeg većeg bombardiranja Boke, 13. aprila, koje je izvršeno s velike visine, van dometa brodskih protuavionskih oruđa, komandant flote je naredio da se brodovi razmjeste po zabitim uvalama i maskiraju. Prva torpedna divizija, koju su sačinjavali razarači "Dubrovnik", "Beograd" i "Zagreb" ("Ljubljana" se nalazila na popravci), sklonila se u uvalu Krtole, u jugoistočnom dijelu Tivatskog zaljeva. "Beograd" se privezao uz kopno, a "Zagreb" uz obalu otočića Prevlake. Brodovi su prekriveni granjem, a bokovi šareno obojeni, kako bi se iz zraka stekao utisak da su dio kopna. Posada je danju boravila u zaštitnim rovovima, a na brodovima su ostali samo kuhari, zbog spremanja hrane, i artiljerci protuavionskih topova, da bi otvorili vatru na avione koji bi neposredno ugrozili razarače. Tako su se, u jeku rata, ratni brodovi odjednom našli u raspremi. Odvajanjem posada od brodova, učinjen je sudbonosni korak u smislu psihološke pripreme za potpuno napuštanje brodova. Sve nepovoljnije vesti s frontova i znaci rasula koji su i u Boki bili sve vidljiviji, pokidali su i one malobrojne preostale niti koje su ljude vezivale za brodove i njihove vojničke dužnosti. "Pogledajte što su učinili od naših brodova!", govorio je Mašera tih dana. "Posade su iskrcali da se ne bi našao neko ko bi nagovarao mornare da se otisnu na otvoreno more. Kod nas na "Zagrebu" ljudstvo je krajnje demoralizirano, tako da niko neće nazad na brod. Ništa više ne možemo učiniti!"

Vest o primirju prispjela je u Boku 15. aprila, a saopćena je i svim komandantima brodova, uz upozorenje da se zabranjuje uništenje brodova i otvaranje vatre na avione. Sutradan je komandant flote sazvao sve komandante brodova da bi se donijela odluka o eventualnom isplovljenju, ali bilo je već kasno. I sami demoralizirani, komandanti nisu bili spremni da se svim autoritetom založe za isplovljivanje i nastavljanje borbe na strani Saveznika.

U takvoj situaciji, kada je potpuno rasulo zahvatilo i flotu, a kapitulacija bila na pomolu, Mašera i Spasić su postupili u duhu najsvjetlijih borbenih tradicija — potopili su brod i na njemu poginuli. U eksploziji koja je 17. aprila raznjela "Zagreb", nestao je i Sergej Mašera.

Ipak, na spomeniku na vojničkom groblju u Savini, kraj Herceg-Novog, gdje je sahranjen Milan Spasić, uklesano je i njegovo ime.

Povodom tridesetogodišnjice Jugoslovenske ratne mornarice, Predsjednik SFRJ je, 1973. godine, dodijelio Sergeju Mašeri i Milanu Spasiću Orden narodnog heroja "za izvanredan podvig heroizma i odanosti svojoj otadžbini — uništenje i potapanje razarača "Zagreb", aprila 1941. godine, da ne bi pao u ruke okupatora, i junačku smrt na svome brodu..."

Narodnim herojem proglašen je 10. septembra 1973. godine.