Rođen je 14. februara 1914. u Gradišću, Slovenskim goricama, Maribor, Slovenija, gdje mu je otac bio okružni ljekar i pisac, po političkom uvjerenju socijalist. Poslije prvog svjetskog rata, porodica se preselila u Ljubljanu, gdje je otac postao upravnik bolnice. Kao gimnazijalac, Boris Krajger je najprije bio aktivan sportaš, a zatim se angažirao i na društvenopolitičkom području. U prvim danima šestojanuarske diktature Boris i njegova braća su bili od utjecajem profesora poljanske gimnazije: Franceta Koblara, Lovra Sušnika i Juša Kozaka, i već simpatizeri KPJ. Policijski progoni nešto starijih školskih drugova, Borisa Kidriča, Toneta Tomšiča, Borisa Ziherla, i naročito hapšenje Maks Stermeckog, su ga još više privukli komunistima.

Godine 1932. se upisao na Ljubljanski univerzitet — na Građevinsku tehniku, i stupanjem u ljevičarski klub "Triglav" uključio se u napredni studentski pokret, učestvovao u velikim demonstracijama protiv diktature i sa zanosom proučavao marksističku literaturu. Poslije prvog hapšenja, Boris Kidrič ga je, maja 1934, privukao u KPJ. Već tada se posvetio partijskom radu i učestvovao u tehnici PK KPS. U novembru 1934. je, zbog političke djelatnosti, uhapšen i osuđen na dvije i po godine robije, koju je izdržao u Sremskoj Mitrovici.

Kad se, 9. maja 1937, vratio u Ljubljanu, nastavio je studije i revolucionarni rad. Radio je kao tehničar u raznim građevinskim poduzećima, da bi se izdržavao. Kao komunist je djelovao u Slovenskom klubu, "Braniboru" i stručnim organizacijama i u "Crvenoj pomoći".

U godinama 1937—1940. bio je sekretar omladinske komisije pri CK KPS, koja je, .krajem 1938, prerasla u PK SKOJ-a za Sloveniju, i član omladinske komisije CK KPJ, koja se, sredinom 1938, razvila u CK SKOJ-a. Organizirao je omladinu u vrijeme koje je bilo presudno za njeno angažiranje u borbi protiv fašizma.

U godinama 1938—1940. bio je član Okružnog komiteta KPS Ljubljana.

U februaru 1939. je izbjegao hapšenje i logor u Bileći, pa se, kao ilegalac, sasvim posvetio partijskom radu. Na Trećoj konferenciji KPS, 29. juna 1940, izabran je u CK KPS, gdje je odgovarao za rad s omladinom i za agitprop. Dvadeset sedmog marta 1941, policija ga je uhapsila u Jesenicama, ali ga je pustila prilikom napada na Jugoslaviju.

Kad je počela okupacija, ostao je u ilegalnosti i bio sekretar Okružnog komiteta KPS i Okružnog odbora OF Ljubljane, koja je već u prvoj godini NOB postala središte i tvrđava slovenačkih antifašističkih boraca.

Poslije hapšenja Toneta Tomšića, u decembru 1941, Boris Krajger je obavljao i poslove organizacionog sekretara CK KP Slovenije. Kad je okupator, krajem februara 1942, ogradio Ljubljanu žicom, CK KPS i IOOF su van žičane ograde ustanovili svoja povjereništva na čelu s Borisom Krajgerom, i preko njega održavali veze i usmjeravali djelatnost narodnooslobodilačkih organizacija i partizanskih jedinica u Sloveniji.

U maju 1942. Boris Krajger je kooptiran u Politbiro CK KPS, a uskoro su ga Talijani, u raciji u Ljubljani, uhapsili i internirali u logor Gonars. Tamo je s drugovima iskopao rov i kroz njega, 31. augusta 1942, pobjegao sa sedam drugova u gorička brda, i uključio se u akcije KP KPS za Slovenačko primorje. Sredinom novembra je došao u sjedište CK KPS u Polhograjske Dolomite, i ponovo djelovao u Politbirou.

Poslije povratka rukovodstva NOB na Kočevski rog, postao je, 20. maja 1943, vršile dužnosti politkomesara Glavnog štaba NOV i PO Slovenije, a 14. jula je imenovan za politkomesara. Taj odgovorni zadatak je vršio u vrijeme razoružavanja talijanskih i većeg dijela kvislinških jedinica, općeg narodnog ustanka i mobilizacije i najvećeg razmaha narodnooslobodilačkog rata na slovenačkoj teritoriji oslobođenoj Talijanske okupacije.

Boris Krajger je oktobra 1943, postao član Plenuma OF, SNOO i AVNOJ-a, a 23. septembra 1944. član IOOF. Od oktobra 1944. do početka marta 1945. djelovao je i u Politbirou CK KPS i došao u Štajersku kad je tamo počela njemačka ofanziva protiv oslobođene teritorije u Gornjoj Savinjskoj dolini.

Početkom marta 1945, kad je oslobođenje Slovenačkog primorja postalo najvažniji zadatak, CK KPS ga je poslao za političkog sekretara Oblasnog komiteta KPS i sekretara Pokrajinskog odbora OF za Slovenačko primorje. Učestvovao je u prodoru IX korpusa prema Trstu. U vrijeme borbe za slovenačku nacionalnu granicu, bio je sekretar CK KP Julijske krajine do 17. juna 1946, kad je postao ministar za unutrašnje poslove u vladi Slovenije. Taj odgovorni zadatak je vršio u vrijeme kad su neprijatelji socijalističkog uređenja bili veoma aktivni.

Godine 1948. je izabran za člana CK KPJ. Krajem januara 1953. postao je član Izvršnog vijeća Narodne skupštine Slovenije, a 15. decembra 1953. njegov predsjednik; član Saveznog izvršnog veća i Član njegovog Odbora za perspektivni društveni plan. Od juna 1962. bio je i član Koordinacionog odbora SIV-a. Godine 1962. je postao predsjednik Odbora SIV-a za opća privredna pitanja, a 25. juna je izabran za potpredsjednika SIV-a i predsjednika Odbora SIV-a za privredu.

Poslije oslobođenja stalno je bio savezni i republički poslanik. Do odlaska u Beograd, 1962. godine, bio je član IK CK KPS, član predsjedništva SSRN Slovenije i Glavnog odbora Saveza boraca NOR Slovenije. Od 1960. bio je Član Saveznog odbora SSRN Jugoslavije, i od 1958. član CK SKJ.

Bio je generalpotpukovnik JNA u rezervi. Poginuo je u saobraćajnoj nesreći, 4. januara 1967. godine.

Narodnim herojem proglašen je 5. septembra 1953. godine.